財務報表分析雖提供了許多方法以分析企業的財務狀況是否健全，然而其 「效度」有多高呢？進行財務報表分析時應注意的一些限制及問題有：
(一)會計數字無法反映實際價值
(二) 會計方法的選擇影響比較效度
(三)多角化投資的影響
(四)通貨膨脹的影響
(五)標竿選擇的影響
(六) 會計數字的品質問題
(七)會計詐欺。

以下僅提出其中四點略述之：

比如每股帳面價值與在市場上交易的每股市價完全不同，而應收帳款金額更是無法保証能如數變現（有些會變成呆帳）。

通貨膨脹是物價持續上漲的經濟現象，如土地、建築及存貨等，這些雖使得企業價值提升，但並不代表企業努力所得的結果。因此在分析由這些數字所產生的財務比率時，必須格外小心通貨膨脹對特定資產價格的影響。

會計報表是經由一般公認會計原則(GAAP)認可的會計方法所編製的，因此在處理過程上十分有彈性，但也賦予不肖經理人「修飾報表」的機會。

一般企業除了調認列收益與費用的時點、處分長期投資、低估費用等手法來美化財務報表；更甚者，則是未依據「一般公認會計原則」來編製財務報表，以作假帳的方式美化財報，這便構成了會計詐欺。例如2004年以來，台灣上市上櫃公司如博達、訊碟等地雷股引爆；2002年美國的恩隆虛列盈餘等。

近年來，國內外爆發的諸多大型企業跳票、違約、做假帳等財務危機事件。事實上，若能善用財務報表分析的技巧，並盡可能地克服上述的限制與問題，定能在事發之前發現一些徵兆，避免蒙受過多的投資損失–而這也正是財務報表及其分析最主要的積極功能。